La investigación integral también exige moderación en la obtención de datos y en el tratamiento de información personal. De acuerdo con la LAIP, los límites a la publicidad deben estar previstos por ley, toda clasificación de información como reservada o confidencial exige resolución motivada, y la reserva solo es válida por plazos determinados y ante prueba de daño. Ello obliga a diseñar, en el Programa Metodológico, procedimientos de anonimización o seudonimización cuando sea viable, segregación de expedientes, salvaguardas en entrevistas, controles de acceso a sistemas y reglas de archivo seguro. Asimismo, impone pautas para la redacción de actas y de informes que expongan lo necesario para la decisión sin divulgar datos sensibles o información que comprometa indebidamente derechos.

La integralidad se proyecta, además, en la coordinación interinstitucional. Si de la indagación emergen indicios de ilícitos penales, resultará obligada la remisión al Ministerio Público en los términos que correspondan, sin abdicar del curso administrativo cuando proceda. De igual modo, si los hallazgos conciernen a auxiliares judiciales sometidos al régimen del servicio civil, el programa debe prever la articulación con la unidad competente, preservando pruebas bajo cadena de custodia y conservando copias certificadas para el expediente disciplinario que se active posteriormente. Estos flujos, al quedar planificados, evitan duplicidades, pérdidas probatorias y nulidades y refuerzan la coherencia sistémica de la función disciplinaria.