La planeación debe observar la estructura del sistema de justicia guatemalteco: Organismo Judicial, Corte de Constitucionalidad, Ministerio Público, Procuraduría General de la Nación, Procuraduría de los Derechos Humanos, Ministerio de Gobernación y el Instituto de la Defensa Pública Penal. Cada institución tiene un rol definido, y el programa debe establecer, cuando corresponda, puertas de remisión y protocolos de interacción que respeten su autonomía y competencias. En particular, el MP dirige la investigación penal y ejerce la acción penal pública; la SGT, en su función preventiva e investigativa, no sustituye esa atribución, sino que documenta hechos, propone decisiones disciplinarias o administrativas y, de ser el caso, remite información al MP sin vulnerar la reserva.
Las Normas de Comportamiento Ético del Organismo Judicial imponen un marco axiológico y conductual que la planeación debe incorporar como referencia transversal: independencia, integridad, honorabilidad, credibilidad, responsabilidad, transparencia, eficiencia, prudencia y respeto. Estas normas, de aplicación a todo el personal del Organismo Judicial, refuerzan la necesidad de diseñar investigaciones libres de injerencias, con adecuada gestión de conflictos de interés, prohibición de dádivas y respeto de la igualdad procesal. El programa debe prever, por ejemplo, cómo se declararán y gestionarán eventuales conflictos del equipo investigador y cómo se documentarán las salvaguardas adoptadas.
