Desde el primer momento, la SGT elabora un programa metodológico: definición de hechos disciplinariamente relevantes, hipótesis investigativas (general y específicas), tareas con responsables y cronograma, y teoría del caso prudente, abierta a refutación. Este plan debe recoger el principio de integralidad: investigar tanto elementos de cargo como de descargo, evitando sesgos de confirmación. La selección de fuentes (documental, testimonial, inspecciones, peritajes, evidencia digital) se hace bajo criterios de pertinencia, licitud y necesidad, y se documenta cada actuación con actas, constancias y soportes verificables.

Dado que la LCJ y la LSC-OJ estructuran el ilícito disciplinario a partir de faltas tipificadas y no requieren categorías penales como antijuridicidad material o culpabilidad en sentido dogmático, la calificación preliminar debe anclarse en tipos normativos de falta (p. ej., incumplimiento de deberes, abuso de autoridad, violación de reserva, trato impropio, negligencia grave), dejando constancia de gravedad y criterios de graduación. En el universo de jueces/magistrados, la LCJ define el cuadro de faltas y sanciones; en el universo auxiliar, la LSC-OJ hace lo propio. En ambos, rige la proporcionalidad, la presunción de inocencia y el deber de motivación.